De raad van bestuur is bevoegd om alle handelingen te verrichten die nodig of dienstig zijn voor de verwezenlijkingen van het doel van het agentschap. De raad van bestuur heeft inzonderheid volgende opdrachten en bevoegdheden:
- het ondernemingsplan met de minister sluiten;
- de rapportering over de uitvoering van het ondernemingsplan goedkeuren;
- de jaarlijkse begroting opmaken;
- de begrotingskredieten herverdelen;
- de algemene rekening opmaken;
- rapporteren over de uitvoering van de begroting;
- het jaarlijkse activiteitenverslag opmaken.
De Vlaamse Regering heeft op vrijdag 28 maart 2025 de raad van bestuur van de VRM als volgt samengesteld:
- Peter Wouters, voorzitter
- Manuela Van Werde, lid
- Joris Sels, gedelegeerd bestuurder
Tim Raats is aangesteld als regeringscommissaris.
De raad van bestuur en zijn voorzitter wordt aangesteld door de Vlaamse Regering.
De gedelegeerd bestuurder is belast met het dagelijks bestuur en heeft de leiding over het personeel.